農場早期實行慣行農法，有鑑於農藥對於人員及環境的傷害，因此在民國97、98年開始醞釀，自民國99年1月1日起停止農藥施用，接著慢慢擴展拍賣市場以外的銷路。

從慣行農法轉做有機方式栽種的過程是辛苦的，有許多需要克服的問題，轉作第一年收入就少了200~300萬元，需要有很大的恆心和毅力才能維持下去。轉做有機栽培曾遇過的問題有：
1.病害、蟲害： 原本許多很有效的藥，在轉作後不能使用，造成很大的損失，如第一年種了2000棵明日葉苗，1~2個月後只剩500~600棵，主要因為切根蟲和夜盜蟲的影響，存活率低。農場試著從128穴盤苗(育苗期2個月)改成3吋軟盆(育苗期3個月)，栽種時苗株比較大，較不會被夜盜蟲和切根蟲一下子就吃光光。 初期的小菜蛾危害也很嚴重，後來以有機資材「矽藻土」與「蘇力菌」防治後，小菜蛾與其他蛾類（夜盜蟲類除外）問題獲得改善。 其後環控溫室的蚱蜢數量暴增，試過數種有機栽培可用的資材後，效果都不理想。103年嘗試放養雞隻捕食，效果不錯，可惜雞全數被貓咬死。104年解決貓的問題後，溫室蚱蜢危害就控制下來。其餘栽種區塊在採收後與整地種植前也會將雞放養其間，因為夜盜蟲類害蟲通常都會藏匿土壤之中，雞會去翻扒覓食，所以夜盜蟲類的危害也較少了。 106年較嚴重的蟲害是蚜蟲、黃條葉蚤與猿葉蟲。蚜蟲主要危害花卉與青椒，之前用過菸葉水、夏油，目前使用苦參鹼，雖有效果但因蚜蟲通常都躲在葉片之間，且繁殖速度很快，所以要經常防治，一有漏洞就會大量危害。黃條葉蚤與猿葉蟲主要危害十字花科蔬菜，目前尚未有效的方法，只能少種十字花科蔬菜且不能連作。 病害部分可用的有機資材不多，目前採預防的方式，在設施裡面種植。病害通常發生的原因就是高濕度，不幸的梅峰環境就是經常濕度很高，所以種在設施裡可以隔絕雨水，同時使用滴灌設備，減少環境濕度，以達到預防的效果。另外就是選擇抗病品種來對抗病害。 2.雜草： 以高麗菜為例，使用一般的慣行農法，買除草劑的費用約1000元/1分地，工作人員花1~2小時噴藥，可維持1~2個月時間。使用有機的方式栽植，一分地除1次草約需10個人日次，20-30天需除草一次，一期高麗菜(90天)需除2~3次草，以殺草劑防治約需金額3000元，使用人工除草約需金額2-3萬元(人力一天算1000元，但其實不只)，光除草的部分成本就增加七~十倍。
3.銷售包裝： 除了要克服病蟲害和雜草的問題之外，銷售也是另外一個問題。慣行農法中，作物可以直接用大箱子裝，送到拍賣市場統一販售，但有機市場大多為小包裝且分散購買，因此增加許多包裝及銷售上的人事成本(例如菠菜以一箱25kg進入市場，但如做有機蔬菜販售一包500g，包裝多了50倍)。
4.品種挑選： 每種蔬菜都有許多不同的品系，品種選擇在有機耕作上格外重要。選擇適合的品種，不但可以種出漂亮的菜，也可以減少許多維護成本。「適地適種」雖然是一句老話，但在耕作上還是非常受用。平地的農民有許多改良場協助挑選蔬菜品種，但因臺灣栽植的蔬菜是以冬天較多，因此許多試驗場所都致力於耐熱品種的挑選。農場因位處中海拔環境，許多耐熱品種不適宜生長，而需要選擇及自行試驗一些歐美日的品種來栽植。 看了這些，就可以知道為何有機農產品價格會比較高。相較於慣行農法，有機農法投入的心力比較多，因此，較慣行農法貴是正常的(如果是真有機的話)。有人可能會問，這麼麻煩且增加成本，為什麼還要做有機？提供一個想法：長期施作慣行農法，使土地的肥力和生命力喪失；而初期的有機施作，有如還債，要把之前慣行農法的債給還回來，使土壤恢復活力。因此初期總要花費很多氣力，才能讓土地回復到自然狀態。當土地調養完成，對於我們生活的環境、耕種的農民以及食用蔬菜的消費者都會是三贏的狀態。